Si queremos penalizar la no entrega de una tarea concreta, veremos que encontramos dificultades, puesto que Moodle no acepta puntuaciones negativas.
Aun así, podremos hacerlo de dos formas distintas, aunque en ambas se utilizará el Cálculo con fórmula, por lo que si tienes dudas de cómo funciona puedes consultar su tutorial correspondiente aquí.
Para que las siguientes soluciones funcionen, debes crear al menos una categoría en tu curso que englobe todas las tareas, ya que la categoría padre no se puede añadir a la fórmula. Si ya has creado diferentes categorías para ponderar o clasificar las actividades, deberás añadirle sus correspondientes ID a las fórmula de ejemplo que verás aquí.
Si la calificación es 0 penaliza (automático)
Podemos crear una fórmula simple que hará que, si la tarea tiene una calificación de 0, reste puntuación. Cuando una tarea no tiene calificación, Moodle le otorga el valor de 0
El problema de utilizar esta alternativa es que se aplicará de la misma forma tanto a los estudiantes que no hayan entregado la tarea como a los que sí, pero se les haya puntuado con un 0.
De igual manera, la fórmula sería la siguiente:
=[[Total curso]] - if([[Tarea que penaliza]] ==0; 1; 0)
En este caso, que la tarea tenga un valor de 0, resta 1 punto a la nota final.
Si se observan las calificaciones del Estudiante 1, podremos ver como al no tener calificación en la Tarea 3, le resta un punto de la nota final.

Con un ítem de calificación manual
Esta opción resulta más adecuada, ya que así no perdemos la oportunidad de utilizar el 0 como calificación, pero conlleva un leve gasto de tiempo extra.
En este caso, crearemos un ítem de calificación manual (para saber cómo hacerlo consulta este tutorial) y le asignaremos valores entre 0 y la puntuación que queramos restar, siguiendo el ejemplo anterior sería 1.

El objetivo de este ítem es que manualmente añadamos la nota -1 a los estudiantes que no hayan entregado la tarea, si tenemos un listado de los estudiantes que no han entregado la tarea, podemos poner notas rápidamente desde el Libro de calificaciones, si tienes dudas de cómo hacerlo consulta esta página.
Una vez creado, deberemos crear una fórmula que nos permita que su puntuación afecte al total del curso, que sería la siguiente:
=[[Total curso]] - [[Penalización]]
